ยาคุมกำเนิดฉุกเฉินเป็นฮอร์โมนระดับสูง ซึ่งมีผลไปเปลี่ยนแปลงมูกที่ปากมดลูกและป้องกันการฝังตัวของตัวอ่อน หลังรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินไปแล้วประมาณ 1 สัปดาห์จะมีเลือดออกทางช่องคลอดซึ่งเป็นผลจากฮอร์โมนที่มีอยู่ในยา และเมื่อรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินบางรายมีประจำเดือนมาปกติ แต่บางรายอาจจะทำให้ประจำเดือนมาเร็ว บางรายมาช้ากว่าปกติหรือขาดประจำเดือน จึงทำให้การคาดคะเนการตั้งครรภ์เป็นไปได้ยาก ส่วนปริมาณเลือดที่ออกมานั้นอาจจะมากหรือน้อยขึ้นกับระยะเวลาการรับประทานยาว่าตรงกับช่วงใดของรอบประจำเดือน หรือหากรับประทานบ่อยๆอาจทำให้ประจำเดือนไม่มาได้นานเป็นเดือน แต่อย่างไรก็ตามการรับประทานยาคุมกำเนิดฉุกเฉินนั้นถึงแม้จะรับประทานอย่างถูกวิธีและตรงเวลาก็ยังมีโอกาสเกิดการตั้งครรภ์ได้ ดังนั้นหากเลือดที่ออกมีลักษณะกะปริบกะปรอย ผิดปกติไปจากเดิมควรตรวจการตั้งครรภ์ดูด้วยเพื่อความมั่นใจ

ยาคุมฉุกเฉินมีผลข้างเคียงของยา คือ อาจมีอาการ คลื่นไส้ อาเจียน ปวดท้อง ปวดศีรษะ เวียนหัว เจ็บคัดเต้านม มักไม่มีอันตรายรุนแรง นอกจากนี้อาการที่พบได้บ่อย คือเลือดกระปริดกระปรอยออกมาระหว่างเดือน อาจทำให้ประจำเดือนมาช้าหรือมาเร็ว การใช้ยาคุมฉกเฉินติดต่อกันเป็นระยะเวลานาน อาจทำให้เกิดความผิดปกติของรังไข่ เยื่อบุโพรงมดลูก และมีความเสี่ยงในการตั้งครรภ์นอกมดลูกมากขึ้นเป็น 2% ซึ่งมากกว่าความเสี่ยงของคนปกติ นอกจากนี้สิ่งสำคัญ คือ ไม่ควรใช้ยาคุมกำเนิดฉุกเฉินมากกว่า 2 ครั้งต่อเดือน เนื่องจากฮอร์โมนี่มีระดับสูง จะทำให้ระดับฮอร์โมนในร่างกายเกิดการแปรปรวนอย่างมาก จนทำให้รอบเดือนผิดปกติไป บางรายอาจไม่มีประจำเดือนมานานหลายเดือน ดังนั้นหากมีความจำเป็นจะต้องใช้ยาคุมกำเนิดมากกว่่าเดือนละ 1 ครั้งจึงแนะนำให้ใข้การคุมกำเนิดที่มีประสิทธิภาพมากกว่่า เช่น ยาคุมกำเนิดชนิดฮอร์โมนรวม (แบบ 21 หรือ 28 เม็ด) ซึ่งนอกจากจะคุมกำเนิดได้ดีแล้วยังมีประโยชน์ในเรื่องการควบคุมประจำเดือนให้มาเป็นรอบปกติ ลดอาการปวดประจำเดือน หรือบางยี่ห้อสามารถการลดสิว ผิวมัน ขนดก กลุ่มอาการก่อนเป็นประจำเดือนโดยอาจจะใช้ร่วมกับถุงยางอนามัยเพื่อป้องกันโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ได้ด้วยค่ะ